Ciao @vocmarcello ,
quello che succede con i template woocommerce ad oggi non succede con tutti i plugin.
come suggerito qui puoi fare alcune personalizzazioni :
IMHO, the best approach is either to fork the Plugin to maintain your changes, or else submit patches to the Plugin developer, to have your changes made a part of the original Plugin.
http://wordpress.stackexchange.com/questions/22935/proper-way-to-modify-plugin
C’è da capire anche di che plugin parliamo,
Per i plugins attualmente non esiste una cosa come child plugins, woocommerce stesso fa uso delle funzioni di wordpress per permettere agli sviluppatori di sovrascrivere i templates. Se non ricordo male c’è già una discussione in merito sul track di wordpress ma non ricordo il numero di track.
Il mio consiglio oltre a quanto detto da @cristianozanca è di dare una lettura a Plugin Api così da farti un’idea di come lavorano i plugins ( difatti l’unico modo che hai di modificare il comportamento di un plugin è tramite hooks ) e decidere come meglio conviene a te implementare tali modifiche.
Ulteriori informazioni che potresti trovare utili sono :
Benchè le Pluggable Functions siano molto utilizzate nei plugins, WordPress non ne aggiungerà di nuove. Obbiettivo è quello di permettere ai plugins di lavorare con i filtri, quindi se capisci come funzionano i filtri/actions ( hooks ) non avrai problemi a manipolare alcun tipo di dato.