Ciao Oscar,
solitamente i menu per le versione desktop e mobile dei siti coincidono e vengono assegnate selezionando quale “posizione” assegnare ad un menu esistente.
Potresti verificare se per caso il tema che stai usando ha delle impostazioni per assegnare separatamente il menu per desktop ed il menu per dispositivi mobili?
In ogni caso, anziché “eliminare” le pagine che non vuoi vengano visualizzate, basta creare un nuovo menu inserendo solamente le pagine che vuoi in elenco.
A seconda del tema che stai usando, specie se si tratta di un tema a pagamento, potrebbe anche essere disponibile un supporto dello sviluppatore.
Spero di essere stato utile. Chiedi pure nel caso avessi altre domande!
Buona giornata!