problemi sito per errore file ftp

ciao ragazzi,
ho trasferito un sito di un cliente da un server ad un altro, stesso dominio (seguendo la guida codex).
Sembrava tutto ok, per cui ho fatto alcune modifiche a wpml e poi implementato https.
Tutto ok, poi il mio cliente comincia ad aggiornare il sito e si accorge che in alcuni articoli mancano immagini, allora vado a vedere e ricarico la cartella upload di quel mese.
Sembra tutto ok, poi vengono fuori altri piccoli problemini…. e mi accorgo dopo aver trasferito un altro sito che il problema è sorto perchè il mio bel windwos 10 si riavvia da solo per aggiornamenti e quel trasferimento era stato fatto in notturna, al mattina sembrava tutto ok ma probabilmente ha riavviato prima di finire.

Arrivo al punto, se io ricarico tutto il contenuto del sito, si risolve il problema o possono nascere dei casini? senza cancellare nulla del contenuto attuale ne andare a modificare il database , semplicemente ricaricare il contenuto delle cartelle ftp così da vedere se i problemi citati sono dovuti alla mancanza di qualche file

vi sono controindicazioni in questa manovra?
grazie