Alla fine ho scritto al mio hosting spiegando il problema ed ho cancellato il file .htaccess sostituendolo con uno nuovo. Non so quale delle 2 opzioni abbia funzionato prima, ma ora il sito ha ripreso a funzionare correttamente.
Scusatemi @cristianozanca mi ero persa quel pezzo!
Grazie @soniik, ho provato a togliere tutti i metodi di pagamento e a riguardarmi tutte le impostazioni su woocommerce ma non riesco a venirne fuori. Se conoscete un professionista che possa risolvere il problema lo contatto subito!